Add-on: Mongol Invasion
Mit dem Add-on Mongol Invasion wurde Shogun um das Szenario und die Fraktionen sowie der Einheiten der Mongolischen Invasion ergänzt. Es gibt zwei verfeindete Parteien, die Hojo und die Mongolen, die am Anfang des Spiels in Kyushu landen.
Die Mongolen verfügen über schwere mongolische Kavallerie, leichte berittene Bogenschützen, Naphtawerfer und koreanische Speerträger. Ihre stärkste Einheit ist die schwere mongolische Kavallerie. Sie können als einzige Gebäude Wachtürme errichten, sind somit für Nachschub vollständig vom Festland abhängig. Nachschub an Truppen gibt es abhängig von den Eroberungen und den geraubten Koku. Die Mongolen haben anfangs eine extreme lokale Überlegenheit.